У другій половині 1980-х у країнах Балтії на тлі оголошеної головою СРСР Михайлом Горбачовим перебудови і гласності знову активізувалися національні рухи. Зʼявилися громадські організації та газети, які не були підконтрольні компартії. Усе частіше порушувалось питання про суверенітет і навіть незалежність, засуджувався пакт Молотова — Ріббентропа, який поклав початок радянській окупації Балтії.
У серпні 1988 року на антирадянський мітинг у Вільнюсі зібралося близько 250 тисяч людей. Через рік відбулася наймасовіша і найзнаменитіша акція за незалежність — «Балтійський шлях». Понад два мільйони жителів Литви, Латвії та Естонії вишикувалися у живий ланцюг завдовжки близько 670 кілометрів, зʼєднавши три столиці — Вільнюс, Ригу і Таллінн. Подію приурочили до 50-річчя від дня підписання пакту Молотова — Ріббентропа. Зрештою в грудні 1989 року Зʼїзд народних депутатів СРСР спеціальною постановою не тільки вперше визнав існування секретних протоколів до цього пакту, але й засудив його.
Активізується і політичний рух. У червні 1988 року діячі культури, вчені, журналісти й активісти створюють «Литовський рух за перебудову». Спочатку вони вимагали демократизації і ширшої політичної, економічної та культурної автономії. На початку 1989 року організацію перейменовано на «Саюдіс» (лит. Sąjūdis, «Рух»). Тепер основною метою стало відновлення незалежності Литви.
Наприкінці 1989 року стався розкол у Компартії Литви. Більша її частина підтримала ідеї «Саюдіса», вирішила вийти зі складу всесоюзної КПРС і створити КПЛ(с) — самостійну. Нова партія досить швидко зробила ухил у бік європейської соціал-демократії, і в грудні 1990 року її перейменували на Демократичну партію праці Литви. Решта комуністів створили свою КПЛ (КПРС) і продовжили виступати проти виходу Литви зі складу СРСР.
На парламентських виборах в лютому-березні 1990 року кандидати від «Саюдіса» на чолі з професором-музикознавцем Вітаутасом Ландсберґісом отримали більшість місць у Верховній Раді Литовської РСР — 101 зі 141. А Ландсберґіс став її головою.
На першому ж засіданні нового парламенту, 11 березня 1990 року, ухвалили Декларацію про відновлення незалежності Литви. Згідно з цим документом, Литовська РСР змінювала назву на Литовську республіку, відновлювалася Конституція Литви 1938 року, а дія радянської Конституції на її території припинялася. У Литві сформували новий уряд на чолі з членом ініціативної групи «Саюдіса», економісткою Казимирою Прунскене. І передусім почали створювати власні силові структури.
У Москві спробували натиснути на Литву санкціями. У квітні 1990 року оголосили економічну блокаду Вільнюсу — припинили постачання нафти і газу, а також постачання матеріалів для низки великих промислових підприємств республіки. Почалися перебої з товарами, ціни почали зростати, це призвело до страйків і прорадянських мітингів.
Нова хвиля протестів почалася 7 січня 1991 року, коли уряд оголосив, що змушений підвищити ціни на продукти у три-чотири рази. Протестувальники зібралися в центрі столиці і спробували прорватися до будівлі уряду з вимогою його відставки.
Зрештою підвищення цін скасували, а уряд Прунскене відправили у відставку. Але протестувальників це не зупинило. Вони вимагали розпустити Верховну Раду і продовжували скандувати гасла на підтримку СРСР. А на сесії Верховної Ради СРСР у Москві, яку транслювали по телебаченню, зачитували «телеграми трудящих Литви із закликом до союзного керівництва навести в республіці лад».
На тлі цих подій, 10 січня 1991 року Горбачов виступив зі зверненням — по суті з ультиматумом — до литовської влади. Він вимагав «відновити дію Конституції СРСР і Конституції Литовської РСР, скасувати раніше прийняті антиконституційні акти». Наступного дня, 11 січня, місцеві комуністи-консерватори з КПЛ (КПРС) створили Комітет національного порятунку Литви, оголосили про те, що в республіці відновлюється радянська влада, і попросили Москву ввести війська.
Протягом 11—12 січня військовослужбовці радянського гарнізону в Литві, перекинуті десантники Псковської дивізії і бійці групи «Альфа» КДБ СРСР за підтримки бронетехніки почали захоплювати стратегічні обʼєкти у Вільнюсі — Департамент охорони краю (Міністерство оборони Литви), Будинок друку, телефонний вузол. Подібне відбувалося і в інших великих литовських містах.
У відповідь голова Верховної Ради Вітаутас Ландсберґіс закликав людей вийти на вулиці, щоб охороняти будівлі парламенту, телерадіоцентру, телевежі та інші стратегічні обʼєкти. На заклик зʼїхалися тисячі людей з усієї країни, вони оточили будівлю парламенту і звели барикади.
У ніч з 12 на 13 січня 1991 року радянські військові взяли штурмом телецентр і телевізійну вежу у Вільнюсі, навколо якої в оточенні стояло кілька тисяч людей. Загинули чотирнадцять мирних громадян і один боєць «Альфи», понад сто осіб було поранено. Усього ж у січневих сутичках у Вільнюсі за різними даними постраждало близько тисячі людей. «Почали надходити відомості, що стріляють в людей, і не холостими патронами. Були застрелені і вбиті вибуховими пакетами, які кидали в обличчя людям, були роздавлені танками. Пару годин я намагався додзвонитися до Горбачова. На іншому кінці дроту відповідали, що він спить. Просто знущалися. Верховний головнокомандувач спить під час такої операції», — згадував Ландсберґіс.
У Москві не очікували, що все обернеться сутичками, стріляниною і смертями. Наказ із Кремля штурмувати Верховну Раду Литви, оточену барикадами, так і не надійшов. Згодом ніхто з керівництва і чиновників СРСР не взяв на себе відповідальність за події ночі з 12 на 13 січня. Горбачов заявив, що не віддавав жодних наказів, а про те, що сталося, дізнався лише вранці.
На цей час про події у Вільнюсі знав уже весь світ. Дії силовиків засудили не лише на Заході, а й у союзних республіках — Україні, Білорусі, Казахстані та інших. Мітинги на знак солідарності з Литвою почалися і в Москві. Тодішній офіційний представник Литви у Москві — по суті посол — Егідіюс Бічкаускас згадував, як у ніч на 13 січня 1991 року викликав литовських поліцейських, які охороняли посольство, і наказав стріляти без попередження у кожного, хто спробує прорватися до будівлі. А сам сидів з пістолетом у кабінеті. «А рано-вранці я розсунув штори і побачив перед посольством жінку літню з маленькою дівчинкою. І така похмура погода була, сильний сніг падав. Вона в руках тримала плакат «Литва, пробач нас». Потім людей вже було багато, а тоді, з самого ранку — тільки вони двоє».
Шістнадцятого січня 1991 року, «у звʼязку з численними зверненнями трудящих, які висловлюють занепокоєння про долю Союзу», Верховна Рада СРСР ухвалила постанову провести референдум про збереження Радянського Союзу «як оновленої федерації рівноправних суверенних держав і республік». Голосування призначили на 17 березня 1991 року.
Але в Литві не стали чекати і 9 лютого 1991 року провели всенародне опитування про незалежність республіки. За явки понад 80 відсотків за вихід зі складу СРСР висловилися більше ніж 90 відсотків опитаних. Результати оприлюднили 11 лютого, того ж дня незалежність Литви першою у світі визнала Ісландія.
У Москві литовське опитування-референдум, звісно ж, визнали незаконним. Але досить швидко стало не до того. Почався «парад суверенітетів» в інших республіках, зокрема і в Україні. По всій країні йшли масові страйки з політичними вимогами, посилилися і внутрішні суперечки у верхівці радянського керівництва. Уже після серпневого путчу, 6 вересня 1991 року СРСР визнав незалежність Литви, а також двох інших балтійських республік — Латвії та Естонії. А до розвалу самого Радянського Союзу лишалося трохи менше як чотири місяці.