Во второй половине 1980-х в странах Балтии на фоне объявленной главой СССР Михаилом Горбачевым перестройки и гласности снова активизировались национальные движения. Появились общественные организации и газеты, которые не были подконтрольны компартии. Все чаще поднимались вопросы о суверенитете и даже независимости, осуждался пакт Молотова — Риббентропа, который положил начало советской оккупации Балтии.
В августе 1988 года на антисоветский митинг в Вильнюсе собралось около 250 тысяч человек. Через год состоялась самая массовая и знаменитая акция за независимость — «Балтийский путь». Более двух миллионов жителей Литвы, Латвии и Эстонии выстроились в живую цепь длиной около 670 километров, соединив три столицы — Вильнюс, Ригу и Таллинн. Событие приурочили к 50-летию со дня подписания пакта Молотова — Риббентропа. В итоге в декабре 1989 года Съезд народных депутатов СССР специальным постановлением не только впервые признал существование секретных протоколов к этому пакту, но и осудил его.
Активизируется и политическое движение. В июне 1988 года деятели культуры, ученые, журналисты и активисты создают «Литовское движение за перестройку». Изначально они требовали демократизации и более широкой политической, экономической и культурной автономии. В начале 1989 года организацию переименовали в «Саюдис» (лит. Sąjūdis, «Движение»). Теперь основной целью стало восстановление независимости Литвы.
В конце 1989 года случился раскол в Компартии Литвы. Большая ее часть поддержала идеи «Саюдиса», решила выйти из состава всесоюзной КПСС и создать КПЛ(с) — самостоятельную. Новая партия довольно быстро сделала уклон в сторону европейской социал-демократии, и в декабре 1990 года ее переименовали в Демократическую партию труда Литвы. Оставшиеся коммунисты создали свою КПЛ (КПСС) и продолжили выступать против выхода Литвы из состава СССР.
На парламентских выборах в феврале-марте 1990 года кандидаты от «Саюдиса» во главе с профессором-музыковедом Витаутасом Ландсбергисом получили большинство мест в Верховном Совете Литовской ССР — 101 из 141. А Ландсбергис стал его председателем.
На первом же заседании нового парламента, 11 марта 1990 года, приняли Декларацию о восстановлении независимости Литвы. В соответствии с этим документом, Литовская ССР переименовывалась в Литовскую республику, восстанавливалась Конституция Литвы 1938 года, а действие советской Конституции на ее территории прекращалось. В Литве сформировали новое правительство во главе с членом инициативной группы «Саюдиса», экономисткой Казимирой Прунскене. И первым делом начали создавать собственные силовые структуры.
В Москве попытались надавить на Литву санкциями. В апреле 1990 года объявили экономическую блокаду Вильнюса — прекратили поставки нефти и газа, а также поставки материалов для ряда крупных промышленных предприятий республики. Начались перебои с товарами, цены стали расти, это привело к забастовкам и просоветским митингам.
Новая волна протестов началась 7 января 1991 года, когда правительство объявило о том, что вынуждено повысить цены на продукты в три-четыре раза. Протестующие собрались в центре столицы и попытались прорваться в здание правительства с требованием его отставки.
В итоге повышение цен отменили, правительство Прунскене отправили в отставку. Но протестующих это не остановило. Они требовали распустить Верховный Совет и продолжали скандировать лозунги в поддержку СССР. А на сессии Верховного Совета СССР в Москве, которую транслировали по телевидению, зачитывали «телеграммы трудящихся Литвы с призывом к союзному руководству навести в республике порядок».
На этом фоне, 10 января 1991 года Горбачев выступил с обращением — по сути с ультиматумом — к литовским властям. Он потребовал «восстановить действие Конституции СССР и Конституции Литовской ССР, отменить ранее принятые антиконституционные акты». На следующий день, 11 января, местные коммунисты-консерваторы из КПЛ (КПСС) создали Комитет национального спасения Литвы, объявили о том, что в республике восстанавливается советская власть, и попросили Москву ввести войска.
В течение 11—12 января военнослужащие советского гарнизона в Литве, переброшенные десантники Псковской дивизии и бойцы группы «Альфа» КГБ СССР при поддержке бронетехники начали захватывать стратегические объекты в Вильнюсе — Департамент охраны края (Министерство обороны Литвы), Дом печати, телефонный узел. Подобное происходило и в других крупных литовских городах.
В ответ председатель Верховного Совета Витаутас Ландсбергис призвал людей выйти на улицы, чтобы охранять здания парламента, телерадиоцентра, телебашни и другие стратегические объекты. На призыв съехались тысячи людей со всей страны, они окружили здание парламента и возвели баррикады.
В ночь с 12 на 13 января 1991 года советские военные взяли штурмом телецентр и телевизионную башню в Вильнюсе, вокруг которой в оцеплении стояло несколько тысяч людей. Погибли четырнадцать мирных граждан и один боец «Альфы», более ста человек были ранены. Всего же в январских столкновениях в Вильнюсе, по разным данным, пострадало около тысячи человек. «Начали поступать сведения, что стреляют в людей, и не холостыми патронами. Были застреленные и убитые взрывными пакетами, которые бросали в лицо людям, были раздавленные танками. Пару часов я пытался дозвониться Горбачеву. На другом конце провода отвечали, что он спит. Просто издевались. Верховный главнокомандующий спит во время такой операции», — вспоминал Ландсбергис.
В Москве не ожидали, что дело обернется столкновениями, стрельбой и смертями. Приказ из Кремля штурмовать Верховный Совет Литвы, окруженный баррикадами, так и не поступил. Впоследствии никто из руководства и чиновников СССР не взял на себя ответственность за события ночи с 12 на 13 января. Горбачев заявил, что не отдавал никаких приказов, а о том, что случилось, узнал лишь утром.
К этому времени о событиях в Вильнюсе знал уже весь мир. Действия силовиков осудили не только на Западе, но и в союзных республиках — Украине, Беларуси, Казахстане и других. Митинги в знак солидарности с Литвой начались и в Москве. Тогдашний официальный представитель Литвы в Москве — по сути посол — Эгидиюс Бичкаускас вспоминал, как в ночь на 13 января 1991 года вызвал литовских полицейских, охранявших посольство, и приказал стрелять без предупреждения во всех, кто попытается прорваться в здание. А сам сидел с пистолетом в кабинете. «А ранним утром я раздвинул шторы и увидел перед посольством женщину пожилую с маленькой девочкой. И такая пасмурная погода была, падал сильный снег. Она в руках держала плакат «Литва, прости нас». Потом людей уже было много, а тогда, с самого утра — только они двое».
Шестнадцатого января 1991 года «в связи с многочисленными обращениями трудящихся, высказывающих беспокойство о судьбах Союза» Верховный Совет СССР принял постановление провести референдум о сохранении Советского Союза «как обновленной федерации равноправных суверенных государств и республик». Голосование назначили на 17 марта 1991 года.
Но в Литве не стали ждать и 9 февраля 1991 года провели всенародный опрос о независимости республики. При явке свыше 80 процентов за выход из состава СССР высказались более 90 процентов опрошенных. Результаты обнародовали 11 февраля, в тот же день независимость Литвы первой в мире признала Исландия.
В Москве литовский опрос-референдум, конечно же, признали незаконным. Но очень скоро стало не до того. Начался «парад суверенитетов» в других республиках, в том числе и в Украине. По всей стране шли массовые забастовки с политическими требованиями, усилились и внутренние разногласия в верхушке советского руководства. Уже после августовского путча, 6 сентября 1991 года СССР признал независимость Литвы, а также двух других балтийских республик — Латвии и Эстонии. А до развала самого Советского Союза оставалось еще чуть меньше четырех месяцев.