Інститут створили у 2006 році указом президента Віктора Ющенка. У документі йшлося про «увічнення пам’яті жертв політичних репресій та Голодомору», це стало основним завданням установи. Першим головою став 80-річний фізик-теоретик Ігор Юхновський, він очолював інститут до 2010 року. Він згадував, що Ющенко особисто вмовляв його погодитися: «На мої заперечення він [Ющенко] промовив сильні слова, на кшталт “Президент просить”, “Україна просить” — і я погодився». Проте ще кілька місяців інститут працював номінально — в нього не було фінансування, приміщення та працівників, окрім Юхновського. У березні 2007 року приміщення на вулиці Липській у Києві освятили й інститут почав там працювати.
На той час Україна офіційно визнала Голодомор 1932—1933 років геноцидом, а радянських лідерів — винними у створенні штучного голоду. У країні встановили декілька десятків пам’ятників жертвам Голодомору. У 2007 році Ющенко розпочав декомунізацію, за рік знесли близько 400 пам’ятників радянським діячам, перейменували близько трьох тисяч міст, селищ, вулиць.
Віктор Янукович ліквідував інститут, коли став президентом, і створив нову установу з такою ж назвою. Колишніх працівників звільнили, а загальний штат став на третину меншим. Юхновський розкритикував дії влади, назвавши це знищенням Інституту нацпам’яті. Тоді інститут втратив вплив на державну політику й займався тільки науковими дослідженнями. Головою до 2014 року був історик Валерій Солдатенко, член Комуністичної партії. Він заперечував, що Голодомор — це геноцид, критикував рішення присвоїти звання Героя України Роману Шухевичу й Степану Бандері. Інститут, за його словами, мав проводити «більш виважену політику».
Що робить Інститут нацпам'яті?
Досліджує події Голодомору, воєн, масового голоду 1921—1923, 1946—1947 років та політичних репресій в Україні;
добивається визнання Голодомору геноцидом проти українців у світі;
збирає свідчення очевидців репресій, визвольного руху, воєн, жертв Голодомору та голоду, боротьби за незалежність та антитерористичних операцій;
веде облік місць поховання жертв голоду та репресій;
сприяє відновленню прав репресованих осіб;
збирає і зберігає документи про роботу спецслужб та правоохоронних органів колишнього СРСР;
ініціює спорудження пам’ятників та сприяє втіленню образів українських діячів у мистецтві.
Петро Порошенко також реформував інститут, повернувши йому статус органу виконавчої влади. Його підпорядкували міністру культури, молоді та спорту. Згідно з новими положеннями, інститут має популяризувати історичні події, як-от український визвольний рух, Голодомор та політичні репресії в радянський період. Також інститут повинен «виховувати серед українців патріотизм і національну свідомість», розповідати світові про «роль України в боротьбі проти тоталітаризму».
Головою обрали історика Володимира В’ятровича. Він працював в інституті й раніше — у 2007 році очолив представництво у Львівській області, а потім архівний відділ. Також В’ятрович був радником голови СБУ та директором галузевого державного архіву. Він вважає себе дослідником українського визвольного руху.
За часів В’ятровича інститут став важливим елементом державної політики. У 2015 році ухвалили закон про декомунізацію, за цим стежив саме інститут. За п’ять років в Україні перейменували 987 населених пунктів і 52 тисячі вулиць, демонтували дві з половиною тисячі пам’ятників радянським діячам, переважно Леніну. За часів В’ятровича Україна відмовилася від поняття «Велика вітчизняна війна», а всі офіційні заходи стали проводити восьмого травня, в День пам’яті та примирення, а не дев’ятого, як було раніше. Також В’ятрович відкрив архіви КДБ, визнав учасників ОУН та УПА борцями за незалежність, почав реабілітацію жертв репресій — тепер постраждалих від комуністичного режиму визнають невинними, часто посмертно.
В’ятрович нерідко потрапляв у скандали, особливо напруженими були стосунки з поляками. У 2016 році В’ятрович засудив польську владу через те, що та визнала ОУН-УПА винними в геноциді поляків під час Волинської трагедії. У 2018 році він різко засудив ще одне рішення польської влади — так званий закон «про бандеризм», який передбачає кримінальне покарання для тих, хто заперечує «злочини українських націоналістів, скоєні проти громадян Польщі в 1925—1950 роках». У 2018 році польські ЗМІ повідомили, що В’ятровичу заборонили вʼїзд до Польщі, але ця інформація не підтвердилася. Проте міністр закордонних справ Польщі Вітольд Ващиковський говорив, що польська влада вживатиме заходів, «які не дозволять людям із вкрай антипольськими позиціями відвідувати Польщу».
В’ятровича звільнили з інституту у вересні 2019 року. Після перемоги Володимира Зеленського В’ятрович казав, що йому шукають заміну. У липні він балотувався в парламент за списками партії Петра Порошенка «Європейська солідарність», та його місце виявилося непрохідним. Але після того, як Ірина Луценко склала мандат, В’ятрович пройшов у Раду на її місце. А Кабмін призначив конкурс на голову інституту та 4 грудня оголосив переможця — 33-річного Антона Дробовича. За освітою він філософ і правник, викладає на кафедрі культурології Національного педагогічного університету імені Драгоманова та керує освітніми програмами меморіального центру Голокосту «Бабин Яр». Він спеціалізується на питаннях освіти, культури, міфології у мистецтві, філософії та антропології. Раніше працював журналістом, радником міністра освіти та науки Лілії Гриневич, керівником служби стратегії музейного планування та розвитку «Мистецького арсеналу». У 2014 році був мобілізований до армії і прослужив там рік.
Дробович хоче продовжити декомунізацію, але іншими методами. «Буде більше консультацій із громадськістю, більше уваги до думки органів місцевого самоврядування, місцевих жителів», — сказав він у коментарі theБабелю. Про детальні плани він поки не розповідає — пояснює це тим, що офіційно ще не призначений. В одній зі своїх статей Дробович розмірковує про декомунізацію та критикує категоричність її ініціаторів: «Замість виваженої європейської цивілізованості легше обрати знищення не-європейського-радянського. І чим ці люди кращі за ІДІЛ у Пальмірі?» Він вважає, що радянську культурну спадщину варто не ігнорувати, а навпаки, зберігати її, перетворюючи в культурні об’єкти.
В’ятрович розкритикував перемогу Дробовича. У коментарі theБабелю він пояснив, що сумнівається в його компетентності. «За п’ять років я так чи інакше стикався з різними дослідниками та активістами, але Антона Дробовича серед них не було. Він не розуміє, що таке інститут та які його завдання й інструменти дії», — сказав він. Вʼятрович також розкритикував проєкт «Бабин Яр», де працював Дробович, тому що його запустили російські бізнесмени Михайло Фрідман, Павло Фукс і Герман Хан. Від України проєкт підтримали український олігарх Віктор Пінчук та мер Києва Віталій Кличко.
Дробович відповідає, що дивується критиці від людей, які не знають його особисто. «Сумніви хай будуть, але не треба передчасно ховати українську національну ідею. Громадянам не варто ні про що турбуватися», — сказав він.